Les Herbiers

Un herbier

"Un herbier est une collection de plantes séchées. Une part d’herbier est constituée d’un végétal séché à plat sous légère pression (mais non écrasé) et d’une étiquette sans laquelle la plante sèche n’a aucun intérêt scientifique. Cette étiquette porte généralement le nom de la plante sous forme d’un binôme latin (genre, espèce), le nom du récolteur et ses observations sur la plante vivante [...], la date et le lieu de récolte, etc. Dans le meilleur des cas, les échantillons sont fixés sur des feuilles de papier, mais souvent ils sont simplement libres dans des chemises en papier. , pour garantir leur sécurité. Ces parts sont soit soit rassemblées dans un ou plusieurs cartons, soit maintenues ensemble par une cordelette sous forme de liasses. Les plantes sont généralement réunies par genres, lesquels sont classés par ordre alphabétique au sein des familles botaniques ; ces dernières sont ordinairement classées : soit elles suivent l'ordre d'une classification systématique, soit tout simplement l'ordre alphabétique."
(Faure A., Bange C., Barale G., Danet F., Dutartre G., Fayard A., Guignard G., Pautz F., Poncet V. & Ronot P., 2006. Herbiers de la Région Rhône-Alpes, 1ere partie : Bilan. Jardin botanique de la ville de Lyon. 88 p.).

Le terme herbier désigne aussi l’établissement ou l’institution qui assure la conservation d’une telle collection. Un grand nombre d'institutions sont susceptibles de posséder un ou plusieurs herbiers : les Muséums d’Histoire Naturelle, les Jardins Botanique, les services municipaux ou départementaux (archives, musées, bibliothèques, jardins botaniques, etc.), les établissements d’enseignement souvent dans le supérieur (université, I.U.F.M., etc.), des associations s’occupant parfois de musées et qui ont généralement pour centre d’intérêt les sciences naturelles, des communautés religieuses, et des établissements publics ayant un rapport avec la nature (conservatoire botanique, parcs nationaux ou régionaux, etc.).

Le New York Botanical Garden publie un inventaire mondial des herbiers sous le nom d’Index Herbariorum http://sciweb.nybg.org/science2/IndexHerbariorum.asp. Cet inventaire, régulièrement mis à jour, répertorie 75 institutions françaises.

En plus de la localisation des herbiers, un autre problème rencontré est l’absence d’inventaire du contenu de ces herbiers. En effet, le contenu de la majorité des herbiers recensés n’est pas inventorié (ni inventaire informatique. C'est pourquoi, Tela Botanica s'est engagé avec le soutien du Muséum national d'Histoire naturelle et du ministère de l'Ecologie, du Développement Durable, des Transports et du Logement dans le recensement des herbiers de France. Ce projet a pour but de permettre la mise en commun des métadonnées sur les herbiers à l'aide de l'outil Collection en Ligne. Ce travail se fera grâce à une collaboration avec les institutions de chaque région intéressée par un recensement des collections locales.

Pour en savoir plus sur les herbiers

Les actions en cours

Sphagnum Gallia Herbariorum

Premiers acteurs de l’inventaire de la biodiversité, de nombreux muséums et institutions de par le monde ont entrepris l’informatisation de leurs collections. Cependant, faute de moyens suffisants et/ou de méthodes et outils à la hauteur de cette tâche gigantesque, peu sont aujourd’hui en mesure d’offrir à la communauté scientifique les moyens d’exploiter efficacement les ressources contenues dans ces réservoirs de données. Sur la base de ce constat, le programme e-ReColNat, lauréat de l’appel à projets « Infrastructures Nationales en Biologie et Santé » des Investissements d’avenir, a été mis en place. L’infrastructure e-ReColNat se veut l’outil qui permettra de réunir virtuellement l’ensemble des acteurs capables, ensemble, de rendre disponibles et utiles les informations contenues dans les collections.

Les spécimens de bryophytes conservés dans les herbiers français ne sont pas concernés par le projet E-Recolnat, bien qu'ils y aient pleinement leur place. A l’exception du projet GPI de JSTOR Plant Science, il n’y a actuellement aucun projet d’informatisation des collections bryologiques autre que l’informatisation relative à la gestion courante des herbiers. C’est pourquoi, il apparaît important de lancer des projets collaboratifs, inter-herbiers, sur les collections bryologiques.

L’objet du projet Sphagnum Gallia Herbariorum est l’étude de l'évolution spatio-temporelle des milieux tourbeux en France et le suivi de l'évolution temporelle du cortège d'espèce de sphaignes dans les principales tourbières françaises à partir des spécimens conservés en herbier.

Il s’agit d'utiliser l'outil herbier comme un outil chronologique depuis la période d'avant la révolution industrielle et les changements induits en termes notamment d'abandon des pratiques traditionnelles et de pollution atmosphérique. L’ensemble des données recueillies, au travers de la mobilisation des herbiers, devraient conduire à :
- produire des cartes de répartition des différentes espèces de sphaignes en France. Cela permettra en outre de cartographier la distribution de certains habitats sur le territoire ; certains taxon ayant un spectre écologique étroit (leur présence est significative de la présence de milieux précis).
- suivre l’évolution du cortège sphagnologique, sur les trois derniers siècles, dans différentes zones humides très prospectées, via des approches autoécologiques et phytosociologiques.

Le projet est porté par le Muséum national d'Histoire naturelle (Sébastien Leblond & Serge Muller) et l'UNIVEGE Clermont-Université / Herbiers CLF (Gilles Thebaud).

Vous trouverez ci-joint :
(1) une synthèse explicitant les objectifs et le mode de fonctionnement du projet
(2) un questionnaire excel permettant de recenser le contenu de vos herbiers et vos besoins dans un souci de mutualisation des moyens et des ressources. Il s’agit d’une «manifestation d’intérêt», n’impliquant aucun engagement de votre part. A titre d’exemple, le questionnaire a été complété par les herbiers PC et CLF. Le questionnaire est à compléter et nous renvoyer avant début décembre au plus tard.

Pour toutes informations complémentaires, veuillez contacter Sébastien Leblond

Projet Global Plant Initiative (GPI)

Le projet GPI, financé par la Fondation Andrew W. Mellon et en collaboration avec JSTOR, prolonge les programmes API (African Plants Initiative) et LAPI (Latin American Plants Initiative) initiés respectivement en 2004 et 2007. Il s’agit d’une collaboration entre 263 partenaires de 71 pays. Le projet vise à constituer une unique base de données relative aux types nomenclaturaux de plantes ; ceci, afin de regrouper et mettre à disposition des botanistes les données historiques jusqu'ici dispersées entre les herbiers de par le monde. La base de données résultant de ce projet, Jstor Plant Science, a notamment pour vocation de faciliter le travail des étudiants, enseignants et chercheurs en lien avec la biologie, l'écologie, l'environnement ou la conservation.

L’herbier de bryologie du Muséum national d'Histoire naturelle est en cours de traitement. A ce jour, plus de 30 000 spécimens types ont été saisis dans la base de données Sonnerat-Bryomyco et 65 000 images sont actuellement disponibles en ligne :
http://science.mnhn.fr/institution/mnhn/search
http://plants.jstor.org/search?searchText=&

Pour toutes informations complémentaires, veuillez contacter Marie Bouissière

Le projet d'inventaire des herbiers

Le potentiel des collections dépasse largement le seul inventaire de la biodiversité : les informations attachées aux spécimens permettent d'appréhender la variabilité, l'histoire et la répartition géographique des espèces, donc leur évolution passée et leur réaction face aux changements globaux. Qui plus est, les spécimens sont en eux-mêmes un matériel biologique d’une extraordinaire diversité. Une exploitation plus intensive de ces matériaux et de ces données ouvre donc des perspectives très importantes dans les domaines de la biologie, de l’écologie et de l’évolution des végétaux

Un recensement des herbiers permets de repérer les lieux de conservations des herbiers en France mais également de mieux connaître les collections. En effet, un inventaire systématique des échantillons n'est actuellement pas possible sur l'ensemble des collections françaises. Mais grâce à une expertise, il est possible de rassembler sur ces herbiers un certains nombres d'informations utiles aussi bien aux conservateurs qu'aux utilisateurs (botanistes amateurs ou professionnels, historiens de la botanique, ethnobotanistes, etc.).

Les résultats obtenus grâce au recensement des herbiers de France seront saisie sur Collection en ligne. Ces métadonnées seront interrogeables en ligne sur le site de Tela Botanica et sur le site du GBIF. L'intérêt est de mettre en lien toutes les informations éparpillées. Ainsi les scientifiques comme le grand public peuvent trouver quelles sont les collections conservées prêts de chez eux ou faire une recherche plus précise d'un herbier en particulier. En effet, plusieurs interrogations de cet outil sont possibles. La recherche simple par mots clés permet d'avoir une recherche sur tous les champs de la base de données (par exemple, un nom de famille). Une recherche avancée permet de se limiter à quelques champs et ainsi d'affiner les résultats. Il est possible, ainsi, de chercher tous les herbiers contenant des mousses récoltées en France. Ceci est donc très intéressant pour les botanistes travaillant sur la répartition géographique des bryophytes de France.

Pour toutes informations complémentaires, veuillez contacter coel@tela-botanica.org.

Réseau des herbiers de France

Le réseau des herbiers de France regroupe des institutions nationales, universitaires, municipales ou associatives qui travaillent à l’informatisation de leurs collections sur un outil commun, la base de données Sonneratdéveloppée par le Muséum national d'Histoire naturelle. La base de données Sonnerat (nommée en l’honneur du botaniste Pierre Sonnerat) sous ORACLE et l'interface JACIM qui permet de l'utiliser sont les fruits d'un travail et d'échanges réguliers entre les informaticiens et les botanistes. Le réseau fonctionne sur la base d'une série de conventions bipartites entre le MNHN et chacune des institutions gestionnaires d'un herbier. Les données entrées restent la propriété de chacun, à l'exception de celles qui seront partagées entre plusieurs institutions, comme des récoltes communes, des noms de plantes etc. L'organe qui définit les orientations est un comité de pilotage comprenant un représentant de chaque partenaire.

Pour toutes informations complémentaires, veuillez contacter Marc Pignal.

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